ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาจุฬาลงกรณ์ พระจุลจอมเกล้าฯ เจ้าอยู่หัว ได้โปรดเกล้าฯ ให้ตั้ง "กรมเก็บ" ขึ้นในเขตพระบรมมหาราชวัง เมื่อวันที่ 7 ตุลาคม พ.ศ. 2433 เพื่อดูแลและจัด เก็บทรัพย์สินแผ่นดิน ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระปรมินทร - มหาวชิราวุธพระมงกุฎเกล้าฯ เจ้าอยู่หัว ได้เปลี่ยนชื่อเป็น "กรมพระคลัง มหาสมบัติ" เมื่อ พ.ศ. 2454 ภายหลังการเปลี่ยนแปลงระบบการปกครองเมื่อ พ.ศ. 2475 ได้มีประกาศใช้พระราชบัญญัติจัดตั้งกระทรวง และกรม พ.ศ. 2476 ได้ยุบกรมพระคลังมหาสมบัติเป็น "กองคลังกลาง" สังกัดในกรมพระคลัง (ปัจจุบันคือ กรมธนารักษ์)ในปี พ.ศ. 2519 กรมธนารักษ์ได้จัดตั้ง "ศาลาเหรียญกษาปณ์ไทย" ขึ้นใน เขตพระบรมมหาราชวัง โดยเป็น หน่วยงาน ในความดูแล ของกองคลังกลางเพื่อ จัดแสดงวิวัฒนาการ เกี่ยวกับเหรียญกษาปณ์ และเงินตราไทยให้ประชาชนได้ เล็งเห็นถึง คุณค่าของ เหรียญกษาปณ์ไทย ซึ่งประสบผลสำเร็จเป็นอย่างยิ่ง และได้ขยายส่วนการจัดแสดง เครื่องราชอิสริยยศ และเครื่องราชอิสริยาภรณ์ ในเวลาต่อมาโดยเปลี่ยนชื่อเป็น "ศาลาเครื่องราชอิสริยยศ เครื่องราชอิสริยาภรณ์ และเหรียญกษาปณ์ไทย" และในปี พ.ศ.2526 ได้รับการปรับองค์กรขึ้นเป็น "กองเครื่องราชอิสริยยศและเหรียญกษาปณ์" โดยแยกจากกองคลังกลาง
ในเวลาต่อมา ได้มีการผนวกงานของ กองคลังกลางและกองเครื่องราชอิสริยยศและ เหรียญ กษาปณ์รวมเข้าไว้ด้วยกัน แล้วยกฐานะขึ้นเป็น สำนักบริหารเงินตรา ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการของ กรมธนารักษ์ ประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 11 เมษายน พ.ศ. 2540 และในการปฎิรูประบบราชการปี พ.ศ. 2545 สำนักบริหารเงินตรา ได้ปรับโครงสร้างหน่วยงานใหม่ ตามกฏกระทรวง การแบ่งส่วนราชการกรมธนารักษ์ พ.ศ.2545 โดยแบ่งส่วนราชการออกเป็น 2 สำนัก ตามลักษณะงาน คือ สำนักบริหารเงินตรา และสำนักทรัพย์สินมีค่าของแผ่นดิน