กรมธนารักษ์ จัดตั้งขึ้นโดยการรวมกรมพระคลังมหาสมบัติ กรมเงินตรา กรมรักษาที่หลวงและกัลปนา กับกรมกระษาปณ์สิทธิการเข้าด้วยกัน เมื่อ วันที่ 23 พฤษภาคม 2476 ตามพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบกรมในกระทรวงการคลัง พุทธศักราช 2476 โดยใช้ชื่อว่า “กรมพระคลัง” ต่อมาได้เปลี่ยนชื่อเป็น "กรมคลัง" เมื่อ วันที่ 9 ธันวาคม 2476 ตามพระราชกฤษฎีกาจัดวางระเบียบราชการสำนักงานและกรมในกระทรวงการคลัง พุทธศักราช 2476 จากนั้นได้มีพระราชบัญญัติปรับปรุงกระทรวง ทบวง กรม พ.ศ. 2495 พระราชบัญญัติโอนอำนาจและหน้าที่เกี่ยวกับราชการของกระทรวง ทบวง กรม ซึ่งได้มีการปรับปรุงใหม่ พ.ศ. 2495 จึงได้เปลี่ยนชื่อจากกรมคลัง เป็น “กรมธนารักษ์” เมื่อวันที่ 12 มีนาคม 2495 ตราบจนถึงปัจจุบัน
สถานที่ตั้ง
สถานที่ตั้ง ทำการกรมธนารักษ์ตั้งอยู่ในพระบรมมหาราชวัง บริเวณริมถนนเขื่อนขัณฑ์นิเวศ ตั้งแต่มีการจัดตั้งกรมเป็นต้นมา จนถึงปี
พ.ศ. 2502 ต่อมาในปี พ.ศ. 2503 ได้ย้ายที่ทำการจากพระบรมมหาราชวังมาตั้งอยู่ที่ถนนจักรพงษ์ แขวงชนะสงคราม เขตพระนคร และในปี พ.ศ. 2535
ได้ย้ายที่ตั้งทำการจากถนนจักรพงษ์ มาอยู่ในบริเวณกระทรวงการคลัง ถนนพระรามที่ 6 แขวงพญาไท เขตพญาไท กรุงเทพมหานคร จนถึงปัจจุบัน
นอกจากนี้ ยังมี บริษัท ธนารักษ์พัฒนาสินทรัพย์ จำกัด (ธพส.) เป็นรัฐวิสาหกิจภายใต้การกำกับดูแลของกรมธนารักษ์ ตั้งอยู่ที่ถนนแจ้งวัฒนะ เขตหลักสี่ กรุงเทพมหานคร